১৭৪০ খ্রিস্টাব্দে বাংলা, বিহার, ওড়িশার দেওয়ান ও নাজিম নিযুক্ত হন আলীবর্দী খাঁ। ১৭৪২ খ্রিস্টাব্দ থেকে ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি ব্যবসা শুরু করে এ দেশে। এ সময়ে মারাঠা, বর্গী আক্রমণের শিকার হয়েছিল খুলনা অঞ্চল। শাসনক্ষমতা নবাবের হাতে থাকলেও কার্যত কোম্পানি ক্রমশ হয়ে উঠতে থাকে দণ্ডমুণ্ডের কর্তা। লর্ড ক্লাইভ দ্বিতীয় গভর্নর হওয়া পর্যন্ত ব্রিটিশ শাসনে স্থানীয় কর্মচারীদের আকার ছোট থাকলেও ভেরেলস্টও কার্টিয়ারের (১৭৬৯ খ্রিস্টাব্দ) সময় কর্মচারীরা দুর্নীতিবাজ ও বেপরোয়া হয়ে ওঠে। প্রাকৃতিক বিপর্যয়ের সঙ্গে কর্মচারীদের দুর্নীতি এ দুয়ের ফলে ১৭৬৯-৭০ খ্রিস্টাব্দে (১১৭৬ বঙ্গাব্দে) বাংলায় ঘটে ছিয়াত্তরের মন্বন্তর। এ মন্বন্তরে খুলনা অঞ্চলের বহু লোক মৃত্যুবরণ করে। হেস্টিংসের সময়ে প্রত্যেক জেলায় একটি করে দেওয়ানি ও ফৌজদারি আদালত স্থাপিত হয়। ওই সময় রাজস্ব আদয়ের কালেক্টর দেওয়ানি বিচারের কাজ চালাতেন। নায়েব নাজিমের অধীনে ফৌজদারি বিচারের ভার ন্যস্ত হয় এ দেশের ম্যাজিস্ট্রেট ও বিচারকের ওপর। খুলনা অঞ্চলের প্রথম আদালত স্থাপিত হয় ১৭৮১ খ্রিস্টাব্দে যশোরের মুড়লীতে। আদালত স্থাপনের পর ম্যাজিস্ট্রেসি ও পুলিশি ক্ষমতা চলে গিয়ে তা ন্যস্ত হয় জজের হাতে। যশোর আদালতের জজের হাতে ন্যস্ত ছিল যশোর, খুলনা ও ফরিদপুর এলাকার ফৌজদারি ক্ষমতা।
১৭৬৬ সালে পশুর নদীতে ফলমাউথ নামে একটা জাহাজ ডুবে গিয়েছিল। এর সূত্র ধরে নীল চাষের সময়ে ১৭৮১ সালে খুলনা হয় পিচ্চি এক থানা, নতুন ‘নয়াবাদ
থানা’। গোটা বাংলায় নীল চাষের যে করুণ ইতিহাস তা খুলনা অঞ্চলের মানুষের জন্য বয়ে আনে সীমাহীন ট্র্যাজেডি। নয়াবাদ থানা স্থাপনের পরও নীলকর বনাম প্রজা দাঙ্গা নিরসন না হওয়াতে সরকার ১৮৪২ খ্রিস্টাব্দে নয়াবাদ থানাকে মহকুমায় উন্নীত করে আর রেণীর তালিমপুর ও শিবনাথ ঘোষের শ্রীরামপুরের মধ্যবর্তী কিসমত খুলনা নামক স্থানে মহকুমা সদর স্থাপন করেন। উল্লেখ্য, খুলনা বাংলাদেশের প্রথম মহকুমা। পরবর্তীকালে মহকুমা অফিস বর্তমান জেলা প্রশাসকের বাংলোতে স্থানান্তরিত হয়। ওই সময়ে খুলনা মহকুমার অংশ ছিল বর্তমান খুলনা, সাতক্ষীরা ও কচুয়া ব্যতীত সমগ্র বাগেরহাট জেলা।
খুলনার নীল বিদ্রোহের ইতিহাসে স্মরণীয় হয়ে আছেন রহিমুল্লাহ। নীলকর মোড়েল (যার নামে বাগেরহাটের মোড়েলগঞ্জ উপজেলা) ও তার অনুগত বাহিনীর অত্যাচারের বিরুদ্ধে রহিমুল্লাহ ও বারুইখালী গ্রামবাসী রুখে দাঁড়ায়। পরে নীলকরদের লাঠিয়াল বাহিনীর কাছে রহিমুল্লাহ ও বেশ কয়েকজন নিহত হন। কিন্তু প্রহসনের বিচারে নীলকর বাহিনী খালাস পায় বেকসুর। কায়েমি স্বার্থবাদী হিন্দু জমিদার ও নীলকরদের বিরুদ্ধে প্রজাদের সংগঠিত করেন মীর নিসার আলী ওরফে তিতুমীর। তিতুমীরের প্রধান কার্যালয় ভারতের চব্বিশ পরগনায় হলেও খুলনার ইতিহাসে তিনি অবিসংবাদিত নেতা। অল্পদিনেই খুলনা অঞ্চলে তার সমর্থক বৃদ্ধি পায় আশাতীত। মোল্লাহাটের নীলকুঠির ম্যানেজার ডেভিস লাঠিয়াল ও বন্দুক বাহিনী নিয়ে মিলিত হয় জমিদার কালিপ্রসন্ন মুখোপাধ্যায়ের সঙ্গে।
অতঃপর তারা সম্মিলিতভাবে আক্রমণ করে তিতুমীর বাহিনীকে। কিন্তু তারা পরাস্ত হয়। যুদ্ধ
